В основу сериала «Смерть шпионам-2» положены события Великой Отечественной войны - противостояние фашистской разведки и советской контрразведки во время подготовки к ялтинской конференции встреч глав государств-союзников.

Осень 1944 года. Красная Армия уже на пороге Рейха, но это не означает, что Германия смирилась с поражением. Единственной надеждой на победу в войне остается физическое устранение лидеров антигитлеровской коалиции.

В конце октября 1944 года на пограничной железнодорожной станции Кагул случилось чрезвычайное происшествие. В ходе проверки документов, старший лейтенант Кошкин открыл стрельбу по пограничникам. В ходе перестрелки он был смертельно ранен. Умирая, успел сообщить полковнику СМЕРШа , что он - вражеский диверсант, направлялся в военный санаторий с целью встретиться с немецким резидентом. Больше он ничего не успел сказать...

Предсмертное признание лейтенанта всполошило контрразведку. Генерал Полуноченко принимает решение доложить о ЧП прямо в Москву. Из Москвы срочно прибыл спецуполномоченный. Он сообщил генералу о том, что в начале 1945 года в Ялте состоится встреча Сталина, Черчилля и Рузвельта. Стало ясно, что на полуострове действует диверсионный центр, задача которого сорвать переговоры союзников.

Советская контрразведка решает навязать противнику свою игру. По документам убитого Кошкина в военный санаторий отправляется майор СМЕРШа. Он предполагает, что опознавательным знаком для немецкого разведчика послужит коралловая бусина, нашитая на кисет диверсанта. Прибывший на место майор начинает своё расследование.

История сериала охватывает период с 1939 по 1945 годы и повествует о жизни отважных советских летчиков, на чью долю выпала Великая Отечественная война. Главный герой - летчик-истребитель Владимир Самойлов - простой детдомовский парень, «заболевший» небом ещё в детстве. Осуществив свою мечту, он поступает в летное училище, и небо становится его вторым домом на всю жизнь.

Одним погожим июньским днем небо зазвучало монотонным гулом воющих бомб и земля окропилась кровью. Великая Отечественная Война обрушилась на плечи вчерашних выпускников летного училища - молодых офицеров Владимира Самойлова, одессита Костю Марецкого, романтика Колю Воронина и уральского богатыря Василия Астахова. Война стала их лучшим учителем, превратив в настоящих хозяев неба. При этом друзьям предстоит познать все ужасы войны – проверить свою дружбу, найти и потерять настоящую любовь, увидеть как умирают близкие, сохранить честь и достоинство и быть готовым к смерти каждую минуту... Не все из них вернутся домой, чтобы встретить долгожданную победу со слезами на глазах.

Маруся Бурова, молодая девушка из северного российского городка, умница, красавица, автогонщица, переживает не лучшие времена. Маруся только что похоронила маму, которая растила ее одна. Мамин брат, дядя Витя, уговаривает ее переехать к нему в Москву.

Среди бумаг матери Маруся находит неотправленные письма к ее единственному возлюбленному, Марусиному отцу. Маруся решает разыскать отца. Под романтические описания из старых писем подходят сразу три кандидата – «три мушкетера», друзья с юности, связанные теперь непростыми деловыми отношениями.

Продолжая поиски, Маруся оказывается в центре запутанной интриги, которая может разрушить старую дружбу «мушкетеров», а возможно – всерьез угрожает жизни одного из них.