Прошел год, как Шилова и его верных друзей перевели в отдел по борьбе с незаконным оборотом оружия. За это время сынишка Шилова и Максаковой немного подрос, Джексон более-менее наладил отношения с Юлией, а Арнаутов с Морозовой всё так же с нежностью глядят друг на друга. Панайотов скрылся в неизвестном направлении и не дает о себе знать, а Марианна, пытаясь хоть как-то наладить новую жизнь, после всех пережитых ужасов, с головой уходит в создание телевизионного ток-шоу \"Горькая правда\". Именно по приглашению Марианны Шилов должен принять участие в качестве эксперта на съемках сюжета программы. Но этим планам не суждено сбыться.

Группа неопознанных людей ворвалась в студию и расстреляла всех, кто там был – режиссера, операторов, техперсонал, Марианну. Следователи связывают эти убийства с репортажем, над которым работала группа – скандал вокруг генерала Калюжного. Неприятности у генерала идут одна за другой с тех пор, как он перешел дорогу важной «шишке» из Минобороны – Волчанской. И хотя расследование убийств теперь вне компетенции Шилова, оставаться в стороне он точно не собирается.

В центре сюжета сериала «Свои 2 сезон» вновь находится команда суперпрофессионалов, которые расследуют загадочные убийства. Во главе отдела стоит Дмитрий Родимин (Дмитрий Козельский). Его помощником является представитель Следственного комитета Татьяна (Вероника Норина), отличающаяся жесткостью и бескомпромиссностью. Также в команде состоят судмедэксперт Карина, психолог Виктория (Ирина Горячева) и даже экстрасенс Ольг. Все вместе они гарантируют, что злодеев настигнет справедливое наказание.

Каждый эпизод многосерийного детектива представляет собой одну самостоятельную историю, в которой разворачивается целый водоворот захватывающих событий. Так, в одной историй второго сезона начинается все с романтической встречи одного из Своих Всеволода Косицкий в отеле с красивой девушкой. Однако под любовным свиданием на самом деле замаскирована встреча с осведомителем, которым Света в действительности является. Утром Косицкого находит в безсознательном состоянии в номере, а рядом с ним – убитую из табельного оружия Косицкого Светлану. Всеволод ничего не помнит о том, что произошло. Коллеги Всеволода выезжают на место преступления. И Свои теперь должны сделать все, чтобы доказать невиновность друга. Более того, они помогают Косицкому, желающему доказать свою невиновность, сбежать из камеры. Он начинает собственное расследование.

Также во втором сезоне рассказывается история расследования молодой девушки. В ночном клубе она знакомится с симпатичным мужчиной, и эта встреча становится для нее фатальной. На следующий день в парке обнаруживают страшную находку: большой чемодан, в котором лежит мертвая девушка. Судя по травмам, ее страшно избивали перед смертью. Свои начинают расследование и приходят к выводу, что убийство совершил маньяк, а ключ к разгадке – новый чемодан, сделанный почему-то из старых материалов. Оказывается, убийца уже посещал антикварный магазин, где покупал раритетные вещи, из которых делал страшные поделки…